In den Lebenwissensschaften werden riesige Datenmengen in biologischen und medizinischen Experimenten erzeugt mit dem Ziel biologische Zusammenhänge zu entschlüsseln bzw. besser zu verstehen. Als Konsequenz wird es immer wichtiger, den Forscher bei der Auswahl der für ihn relevanten Forschungsergebnisse mit Informatik-Technologien zu unterstützen. Der Support bezieht sich sowohl auf Sekundärdaten in klassischen wissenschaftlichen Publikationen als auch auf Primär- bzw. Rohdaten, die bislang in der Regel nur dem Datenerzeuger zur Verfügung stehen.

Datenbanktechnologie und Information-Retrieval-Systeme bilden hierbei die Basis. Information-Retrieval-Systeme helfen Nutzern bei der Suche nach interessanten Einzel-Publikationen. Experimentelle Datenbanken sammeln experimentelle Resultate und machen die Aufbereitung von Daten zur Publikation einfacher. Bio-Datenbanken stellen virtuelle Datenblätter bereit, die von den Nutzern benötigt werden, um komplexe intrazelluläre Zusammenhänge unter Verwendung vieler Einzelresultate zu Modellieren, zu Simulieren und zu verstehen. Experimentelle
Datenbanken erlauben die Verwaltung experimenteller Daten. Biobanken erlauben die Suche nach interessanten Proben für Zusammenarbeiten

Die Nutzung von Datenbanken ist jedoch im Kontext einer Landschaft von Diensten und Anwendungen zu sehen. Eines der Schlüsselprobleme ist hierbei die geeignete Kombination von Diensten und Daten, was der Nutzung semantischer Technologien für bio/medizinische Anwendungen starken vorschub
geleistet hat. Wir sehen als Themenkreis für unseren Workshop unter Anderem die
folgenden Themengebiete:

• Datenmodellierung
• Metadaten und Annotationsmanagement
• Herkunft und Historisierung von Daten
• Ontologien und Datenintegration
• Semantic Web Technologien
• Bereitstellung, Austausch und Abgleich von Daten
• Indexierung und Information-Retrieval-Techniken
• Geeignete User Interfaces für die Datenpräsentation
• Data Mining und Datenvisualisierung
• Datenqualität und Datenbereinigung (Curation)
• Datenverarbeitungsworkflows und Analysepipelines
• Mobile Databanken and Anwendungen
• Peer-to-peer-, Grid- und Cloud-Computing
• Middleware und Anwendungsintegration
• Systemprototypen und Evaluationen
• Kommerzielle Lösungen (Bio-Datenmanagementsysteme, Bio-Information-Retrieval- Systeme, Bio-Grids etc.)

In jedem der kurz angerissenen Bereiche fallen für die Lebenswissenschaften typische Ausprägungen von Problemstellungen an, die Gegenstand des hier vorgeschlagenen Workshops sein sollen.

Der erste Workshop Daten in den Lebenswissenschaften wurde am 28.9.2009 in Lübeck durchgeführt. Es wurden acht Vorträge, sehr hoher Qualität gehalten, die Diskussionen der ca. 25 Teilnehmer waren lebhaft und offen. Aus unserer Sicht war der Workshop ein Erfolg, den wir gerne 2010 wiederholen oder noch übertreffen wollen.

Organisatoren (alphabetisch)

Prof. Dr. Ralf Hofestädt, Universität Bielefeld

PD Dr. Wolfgang Müller, HITS (Kontakt)

Dr. Can Türker, FGCZ Zürich

Prof. Dr. Klaus A. Kuhn

Wichtige Daten

2.5.2010	Einreichungsschluss
216.6.2010	Entscheidung
28.6.2010	Camera Ready
30.9.2010	Workshop

Update 1.5.2010: Es sind verschiedentlich technische Probleme mit der Konferenz-Submission gemeldet worden. Falls die Probleme bleiben, schicken Sie bis zum 5.5.2010 (gerne auch früher) Ihre Einreichungen an Wolfgang punkt Mueller am h-its.org

Update 27.6.2010: Der Workshop ist auf einen Halbtagsworkshop geschrumpft worden und findet nun am 30.9.2010 statt. Vormittags findet in demselben Raum der Workshop über "Informationssysteme für die translationale Gesundheitsforschung" statt.

Einreichung:

Bis zu 6 Seiten LNI-Style sind hier einzureichen (click). Beachten Sie bitte, dass Sie sich registrieren müssen, um eine Einreichung abgeben zu können.