ILW/GMDS/FGIR Workshop im Rahmen der GI Jahrestagung 2009

Lübeck, am Dienstag, dem 29.9.2009

http://projects.eml.org/sdbv/events/gi2009DatenInLebensWissenschaften/index.html

Die Menge der in biologischen und medizinischen Experimenten generierten Daten über Vorgänge in Lebewesen geht weit über das für einen einzelnen Menschen Erfassbare hinaus. Als Konsequenz wird es immer wichtiger, den Forscher bei der Auswahl der für ihn relevanten Forschungsergebnisse zu unterstützen. Ähnlich wird die Verwaltung der in großen Forschungsvorhaben generierten, unpublizierten Daten immer wichtiger.

Thema

Die Datenbank medizinischer Publikationen PubMed z.B. listet fast 800.000 Publikationen allein für das Jahr 2008. Eine Einschränkung auf Publikationen, die das Wort hepatocyte (Leberzelle) enthalten, ergibt immer noch ca. 3.500 Publikationen allein für das Jahr 2008, also weit mehr als ein Mensch, der noch eigene Forschung machen möchte, sinnvoll in einem Jahr lesen oder auch nur querlesen kann. Gleichzeitig bleiben die hohen Anforderungen an Wissenschaftler und Ingenieure erhalten: Ein Wissenschaftler bzw. Ingenieur soll auf vorherigen - insbesondere auch von anderen erzielten - Resultaten aufbauend neue Resultate erzeugen. Hierzu braucht er eine möglichst vollständige Kenntnis über bisher erzielte Forschungsresultate.

Information-Retrieval-Systeme und Datenbanken können hier Abhilfe schaffen: Information-Retrieval-Systeme helfen bei der Suche nach interessanten Einzel-Publikationen. Experimentelle Datenbanken sammeln experimentelle Resultate und machen die Aufbereitung von Daten zur Publikation einfacher. Sie stellen virtuelle Datenblätter bereit, die von den Nutzern benötigt werden, um komplexe intrazelluläre Zusammenhänge unter Verwendung vieler Einzelresultate zu modellieren, zu simulieren und zu verstehen.

Die Zusammenführung von patienten­be­zogenen Daten erfordert Konzepte für die Infor­mations­integration und Warehouselösungen.

In jedem der beschriebenen Bereiche fallen für die Lebenswissenschaften typische Ausprägungen von Problemstellungen an, die Gegenstand dieses Workshops sein sollen:

• Information Retrieval

• Aufbau von Literatur-basierten Datenbanken

• Datenintegration

• Datenaustausch

• Data Mining

• Data Warehousing

Dieser Workshop soll den Teilnehmern einen Einblick in dieses wichtige und vielseitige Arbeitsgebiet bieten und dabei interessante aktuelle Fragestellungen aufwerfen. Gleichzeitig soll der Workshop als wissenschaftliches Forum zum Erfahrungsaustausch dienen und dabei zu möglichen Kollaborationen anregen.

Einreichung von Beiträgen

Als Diskussionsbasis bitten wir um Einreichung von Kurzbeiträgen (2-5 Seiten im GI-Proceedings-Style, ein eventuell längeres Seitenlimit wird dann bei Annahme mitgeteilt). Die Einreichungen sollten sich in dem oben angerissenen Themenkreis bewegen. Wir sind sowohl an konzeptionellen Ideen, prinzipiellen Betrachtungen und detaillierten Problemstellungen (Lösungen) als auch an Systembeschreibungen und Erfahrungsberichten aus der Praxis-Sichtweise interessiert. Insbesondere interessieren uns Arbeiten, welche die speziellen Anforderungen an Systeme in den Lebenswissenschaften klar heraustellen.

Wichtige Termine

Organisation und PC Chairs

    Prof. Dr. Ralf Hofestädt, Universität Bielefeld

    Prof. Dr. Klaus Kuhn, TU München

    PD Dr. Wolfgang Müller, EML Research gGmbH (Kontakt)

    Dr. Can Türker, FGCZ Zürich